ДНК бир тизмек да пайдалануу жөндөмдүүлүгүнө көз каранды гел electrophoresis сыяктуу кичинекей бир базалык жуп өлчөмүн айырмаланат ДНК сымдан үчүн.
ДНК тартипке
1970-жылы, андан ары ДНК молекуласынын эки ДНК тизмек ыкмаларын ойлоп жатышты. Бул Сэнгер (же dideoxy) ыкмасы менен Кертис-Гилберт (химиялык жиги) ыкмасы болгон. Кертис-Гилберт ыкмасы химиялык nucleotide- конкреттүү кеткен жиктери негизделет жана мыкты олигонуклеотиддер (кыска нуклеотид полимерлерди, адатта, узундугу 50 база-экиден аз) бир катар колдонулат. Сэнгер ыкма, адатта, аны колдонууга техникалык жардам далилденген анткени колдонулат, жана, менен ПКОдо келүү жана техниканын техникасынын, жонокой, бир нече бүтүндөй ген, анын ичинде ДНКнын узун катар колдонулат. Бул ыкма ПКО узаруу аллергиясы учурунда dideoxynucleotides менен чынжыр токтотуу негизделген.
Сэнгер методу
Сэнгер ыкмасы ДНК катарлуу калыбы катары колдонулат талданат жана ДНК полимераз колдонулат, бир ПКО иретинде, грунттарды колдонуп комплект маанисин чыгаруу үчүн.
Ар бир dideoxynucleoside triphosphate белгилүү бир пайызын камтыган (ddNTP) төрт нуклеотидден (ATP, жоболоруна, Аккорды же ТТП) бирине для төрт түрдүү ПКО жооп аралашмалары, даярдалган. жаңы ДНК лентасынын синтези бул окшошторун бири чейин уланат катарлуу мурда түзүлсө, кайсы убакта, катталды.
Ар бир парламенттик жооп ДНК катар ар кандай узактыктагы аралашмасынан камтыган бардык dideoxy деп кабыл үчүн белгиленген эле, билимсиз, аягында аяктайт. Гэл electrophoresis төрт өзүнчө тар менен, төрт кубулуштардын тал бөлүнгүлө, жана кандай нуклеотид менен аяктайт катардын узундук негизделген баштапкы калып кезектүүлүгүн аныктоо үчүн колдонулат.
дардын Сэнгер иретинде, грунттарды төрт түрдүү түстүү Fluorescent Tags менен белгиленген бул колдонулат. ПКО сезимге, ар кандай dideoxy нуклеотиддердин катышуусу менен, жогоруда айтылгандай жүзөгө ашырылат. Бирок, кийинки төрт жооп аралашмасы анда аралаш жана Лари бир көчөсүндө колдонулат. ар бир кол жазманын түсү лазер нуру менен аныкталган жана маалымат шаблон ДНК тизмеги аныкталат турган ар бир түс, үчүн бийиктиктерге көрсөтүү chromatograms кубаттайт отуруп тарабынан чогултулат.
Эреже катары, дардын бир тизмек методу узундугу 700-800 база-экиден ашпаган санда ырааттуулугу үчүн гана так болот. Бирок, мындай Primer жүрүү жана Жалдыратпачы тизмек катары кадам-акылдуу ыкмаларды колдонуу менен, ири гендер менен, чынында, бүт геномунун толук тизилүү алууга болот.
Primer жүрүп, ири ген = мдъъ бөлүгү Сэнгер ыкмасын колдонуу менен пайдалуу тизмекке жатат. Болумушту грунттарды кезек ишенимдүү сегментинде алынган жана баштапкы мамиленин чектен чыккан эле гендин бөлүгүн тартибин улантуу үчүн колдонулат.
Shotgun тизмек туш ДНК кызыкчылыгы сегментин дагы тиешелүү (башкарылуучу) орто чогултканда, ар бир бөлүгүн бир тизмек кесүү жана ырааттуулугун жабуучу негизделген даана уюштуруу алып келет. Бул ыкма кайчы тыйын уюштуруу боюнча ЭЭМ үчүн программаларды колдонуу кыйын болуп калды.